El programa más importante de Radio María es la oración. Incluye las oraciones de la mañana y de la noche, el Regina Coeli, el Ángelus, la Hora Intermedia, los Vísperos y las Completas.
El corazón de la oración en Radio María es la Santa Misa diaria.
Todos los días, los voluntarios de Radio María se reúnen en oración con los oyentes para comenzar el día bajo la protección de la Reina de la Paz.
La oración del Rosario adquiere en la Radio que lleva el nombre de María un valor especial: se reza el Rosario completo todos los días y noches.
La Liturgia de las Horas es una parte fundamental de la oración, un patrimonio de la Iglesia entregado a todos los fieles.
Las devociones populares encuentran su lugar en la oración de la Radio con la importancia que la Iglesia suele darles.
Oraciones recitadas espontáneamente por los niños en llamadas en directo.
Cada noche, los voluntarios de Radio María se reúnen en oración con los oyentes.